主人公のゴンが、カイトと名乗るハンターに、「死んだ」と聞かされていた父親、ジンが生きていて優秀なハンターであることを知らされ、自分もハンターになるためにハンター試験を受けにいく事から物語は始まる。『週刊少年ジャンプ』（集英社）誌上において1998年14号から連載。単行本はジャンプ・コミックスより27巻まで発刊。累計発行部数は4600万部を超える。『HUNTER×HUNTER』という二重になったタイトルの由来は、題名を考えていた作者が、テレビでダウンタウンの浜田雅功が「何で2回言うねん」と言ったのを聞き「これだ!」、と思いついたことに由来する。
一方、休載が非常に多く（1999年以降は毎年10回以上休載している）本誌掲載時にはネームに近いラフ画で、背景もほぼ描かれていない状態で掲載されることが頻繁に発生した。前作『幽☆遊☆白書』終盤からその傾向は見られていたが、本作でそれがさらに顕著化している。
また、休載の理由は主に「作者急病のため」とされていたが、作者が巻末コメントなどで最新ゲームをプレイしたことや、旅行に行ってきたことを隠さず書き、さらにコミックマーケットなどの同人誌即売会に参加、同人誌を発行していたこともある。ラフ画の状態で本誌に掲載された場合、単行本化される際に直されるが、修正作業を行うために本誌の連載を休んでいる。次第に、「急病」という理由での休載は減り「作者の都合」とされるようになった。
2005年50号から「病気」により休載し、2006年8号に再開したが、11号に掲載されたのを最後に長期休載となった。当初は2006年4月に再開予定だったがその様子はなく、出版社側からの説明やジャンプ誌面での休載のお知らせなどはなかった。
そして、2007年44号に連載再開が予告され、2008年新年2号まで10週連続限定という形で掲載された。この再開の2日前の2007年10月 4日に、単行本24巻を前巻から1年7ヶ月ぶりに発売した。以降も間に長期休載を挟んで連載は継続されている。